生于东京，卒于同地。是著名文学家芥川龙之介的第三子。从小聆听他父亲收集的唱片，深受I.F.斯特拉文斯基音乐的感染，立志从事音乐创作。中学考入东京音乐学校师从桥本国彦学习作曲，后又师从伊福部昭。1949年完成了本科及研究生课程。毕业后一度作为早坂文雄的助手参加电影音乐的创作，他后来的作品深受上述三位作曲家的影响。1948年《交响三章》和1950年《交响性管弦乐》的发表确立了他作为作曲家的地位。1953年与黛敏郎、团伊玖磨结成了著名的“三人会”作曲团体。由此展开了一系列重要的创作和演出活动。在该会近10年的5次公演中，他们的作品包括了芥川也寸志的《第一交响曲》《埃罗拉交响曲》（1958）及歌剧《暗镜》 （后改名为《广岛的俄尔甫斯》，1960）等，它们成了日本战后的代表性作品。


　　芥川也寸志的早期作品带有较深的斯特拉文斯基和伊福部昭的痕迹，常采用有韵律的、快速固定的音型，动力性强，富有男性化气质，同时又散发出抒情、浪漫、诗意般的音乐气息。但在《埃罗拉交响曲》及《广岛的俄尔甫斯》等多部作品中却一扫甜蜜、抒情的旋律风格，代之以半音阶进行的、晦涩、钝感的流动性色彩。这种创作倾向到晚期得到进一步发展，常常在狭窄的音域内作二度固定音型的反复，形成不同性格的动机展开，将动力性的快板与柔软缠绵的慢板融于一体，构成颇富戏剧性冲突的单乐章交响乐。它的创作领域宽广，富于个性。除上述作品外，大型的管弦乐作品《固定音型的交响乐》 （1970）、《狂想曲》（1971）、《协奏曲与固定音型》 （1969）、《响》（1986）等都是他的重要代表作。