原籍浙江定海。生于上海，卒于上海。1919～1928年，先后在上海爱国小学、上海江苏省立上海中学、上海公学学习。其兄查瑞龙是中国早期武侠片演员，在他影响下，查瑞根对电影产生浓厚兴趣。1929年，经查瑞龙的介绍，进入上海暨南影片公司洗印部做学徒。不久转入吴蔚云的私人洗印工场学艺，兼习摄影、剪辑。

1932年，查瑞龙贷款创办艺华影业有限公司，查瑞根进入该公司从事洗印工作。在此期间，他采用多次翻印的方法，制作了影片中人身分离、忽隐忽现等特技效果。30年代中期，他试验成功双色染色法，先在片基面染一层底色，再在乳剂面银影上染另一种颜色，使影片各个场景的单纯黑白色更加丰富，提高了银幕效果。艺华公司早期有声片只是简单地把对白和音乐两条声带叠起来印，效果混浊不清，他设法用遮板印片，分两次曝光，将对白声带印在中间，音乐声带印在两侧，使影片的声音效果提高了一步。在艺华公司的10年中，他担任了《逃亡》《民族生存》《中国海的怒潮》《人之初》等几十部影片的洗印工作。

1942～1949年，他先后任中华电影联合股份有限公司和中央电影企业有限公司一厂的洗印科副科长和洗印主任。1949～1952年在上海电影制片厂担任洗印技术的领导工作。在此期间，他组织攻克了彩色片洗印的种种难题，使得中国第一部彩色美术片《小小英雄》试制成功。他用显影罐冲洗了70多英尺（1英尺=0.3048米）有声彩色试验片，对彩色影片的洗印工艺进行了探索，继而陆续建立起一套在当时可行的彩色洗印工艺。1953年在北京电影学校洗印专修班任教。1957年任上海市电影局洗印总技师。1960年起任上海电影技术厂厂长，至1984年任该厂顾问。曾任中国电影家协会理事、名誉理事，中国电影家协会上海分会常务理事，中国电影电视技术学会理事。