1937年6月，由中华全国总工会西北执行局召开干部联席会议成立。机关内设秘书处、组织部、文教部、抗战动员部、劳保部和工作调查组等。1947年3月13日，国民党军胡宗南部进犯陕甘宁边区。为适应自卫战争的需要，边区党政群领导机关合一办公，人员物资统筹调用。边区工人在中央职工委的统一指挥下，实行坚壁清野。年轻力壮的组成游击队，全体职工一手拿枪，一手拿工具，坚持战时生产和武装自卫斗争。边区总工会随军转战，工会工作暂时停止活动。1948年4月8月中央西北局决定恢复陕甘宁边区总工会。1949年5月1日，西北总工会筹备委员会成立，陕甘宁边区总工会结束其历史使命。