1946年7月，美被迫同意其殖民地菲律宾独立。1947年3月14日，美菲签署《美菲军事基地协定》和《美国对菲律宾军事援助协定》。前者规定美占用菲军事基地23处，使用期限99年；后者规定由美向菲派遣军事顾问、帮助训练军官、提供军事装备等。1951年8月30日，美国出于冷战需要，又和菲律宾签署《美菲共同防御条约》。该条约无限期有效，规定缔约双方将以自助和互助的方式保持并发展抵制武装进攻的能力；在太平洋区域，缔约任何一方遭到武装进攻时，缔约双方将进行协商，采取行动以对付共同的危险。次年8月27日，该条约生效，美菲军事同盟正式建立。

　　1958年5月15日，美菲建立共同防务委员会作为双方联络磋商的常设机构，以评估两国间的军事合作并就未来合作项目提出建议。美菲同盟建立后，美经常利用驻菲军事基地镇压菲国内反政府力量，并对其他亚洲国家实施军事干涉和侵略。菲律宾则积极支持美在该地区的安全政策和军事行动，曾派兵参加朝鲜战争。20世纪60年代，马科斯政府出兵参与美国侵略越南的战争，遭到国内民众的强烈反对。随着国内要求摆脱对美国依赖的民族情绪高涨，菲政府开始逐渐减小对美依从度。1969年12月，菲不顾美反对，将菲军从越南全部撤回。70～80年代，为巩固美菲军事同盟关系，美加大对菲经济援助，菲则承诺继续向美提供军事基地。但是，菲国内不断掀起要求撤除美军基地的斗争，美菲基地协定被迫多次修改，租借期从99年减少为44年。1991年8月27日，美菲签署《美菲友好、合作和安全条约》，企图继续使用苏比克湾海军基地。同年9月，菲国会否决该条约，并废除《美菲军事基地协定》。至1992年11月24日，美不得不向菲归还了全部基地，结束了美在菲长达93年的驻军。此后，《美菲共同防御条约》仍然有效，两国仍保持密切的盟友关系。

　　1998年初，美菲签署《美菲军队访问协定》。该协定旨在为参加美菲联合军事演习的到访美军确立法律地位，为军事基地协定废止后美军重返菲律宾铺路。2000年，美菲恢复联合军事演习。2001年“9·11”事件发生后，菲积极支持美反恐行动，向美开放军事设施，提供后勤服务；美则派反恐专家赴菲协助反恐训练。2002年11月，美菲签署《后勤互助协定》，使美军在使用菲律宾海空港口等设施上享有更大的自由。美称菲为与日、澳同等地位的“非北约主要盟国”；菲则视美菲同盟为其安全与外交的重要依托。2011年4月，美菲两军举行了双方演习史上规模最大的野战训练演习。2014年4月，美菲签署为期10年的《加强防务合作协议》。根据该协议，美国有权使用菲方指定区域的军事基地和设施，且有权在这些地方新建或升级设施，美军还可以在菲预先部署武器装备、补给物资和人道主义救援物资等。美菲军事同盟对美在东亚的军事存在具有重要意义，对南中国海地区的安全与稳定造成消极影响。