1946年5月11日，在柔佛新山（巴鲁）成立。1950年4月，作为政党注册。创建人和首届主席为达图·奥恩。1951年奥恩退出巫统，另组马来亚独立党。东古·拉赫曼继任巫统主席。1952年，在吉隆坡市政府选举中与马来亚华人公会结成联盟。1955年，马来亚印度人大会党加入，组成马来亚联盟党。1974年，扩大为马来西亚国民阵线，拥有成员11个，巫统为最大的成员党。1987年4月因党争而分裂，被法庭判为非法组织。1988年2月，马哈蒂尔在原巫统基础上重组“新巫统”。1996年，从巫统分裂出去的“四六”精神党重返新巫统后再次还名为“巫统”。1970年拉赫曼辞职后，巫统主席相继由拉扎克（1970～1976）、侯赛因（1976～1981）、马哈蒂尔·宾·穆罕默德（1981～2003）、巴达维（2003～2009）和纳吉布·敦·拉扎克（2009～2018）担任。现任主席扎希德（暂停履职），代主席穆罕默德·哈山。

马来亚独立后，以巫统为首的执政党联盟国民阵线（简称“国阵”）于1957年至2018年长期执政，历届内阁总理均由巫统主席担任。2018年5月9日，马来西亚举行第十四届大选，马哈蒂尔领导的希望联盟赢得国会下议院超过半数的议席，结束了国阵61年执政。

一贯主张马来人优先，伊斯兰教为国教，马来语为国语，维护马来人特权。领导机构为中央最高理事会，下设州联络委员会和区部、支部，并建有青年和妇女组织。