2001年6月15日在中国上海成立的永久性政府间国际组织。
其前身是“上海五国”会晤机制。1996年4月26日,中国、俄罗斯、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦五国元首为加强边境地区的相互信任,在上海会晤并签署《关于在边境地区加强军事领域信任的协定》,“上海五国”会晤机制正式确立。1997年和1998年,五国在会晤后分别就边境裁军、地区稳定和经济合作达成协议。1999年,五国元首会晤后发表声明,坚决反对民族分裂主义、宗教极端主义和国际恐怖主义,共同打击跨国犯罪。
随着“上海五国”机制的合作与作用不断扩大,2001年五国元首在上海会晤时,正式接受乌兹别克斯坦加入“上海五国”机制,六国元首签署了《上海合作组织成立宣言》,还签署了《打击恐怖主义、分裂主义和极端主义上海公约》,上海合作组织正式成立。2017年6月9日,印度和巴基斯坦正式成为上海合作组织成员。
上海合作组织的宗旨是:加强成员国之间的相互信任与睦邻友好;发展成员国在政治、经济、科技、文化、教育、能源、交通、环保及其他领域的有效合作;维护和保障地区的和平、安全与稳定;推动建立民主、公正、合理的国际政治经济新秩序。机构设置有成员国元首理事会、政府首脑理事会、外长理事会、国家协调员理事会及总检查长、国防、经贸、交通、文化、救灾等部门领导人会议。常设机构分别是设在北京的秘书处和设在乌兹别克斯坦首都塔什干的地区反恐机构。每年举行一次成员国元首正式会晤,定期举行政府首脑会晤,轮流在各成员国举行。
从2004年开始,启动了观察员机制。现有观察员国4个,分别为蒙古国、伊朗、阿富汗、白俄罗斯。2009年6月,正式启动对话伙伴机制。现有对话伙伴国6个,分别为斯里兰卡、土耳其、阿塞拜疆、亚美尼亚、柬埔寨、尼泊尔。
2009年6月16日,上海合作组织成员国元首理事会第九次会议在俄罗斯叶卡捷琳堡举行