生于英国格拉斯哥，卒于加拿大渥太华。1820年，随父母移居加拿大金斯顿。1836年，进入上加拿大省法律协会，在金斯顿开业。19世纪40年代起涉足地产行业。进入政界后，曾指责1837～1838年发生的反对寡头政治的武装起义。1843～1846年，担任金斯顿市议员。1844年，作为保守派成员被选入加拿大联合省议会。1847年，一度进入内阁任财政部长。1854年，自由保守党获得议会的多数席位，顺利组阁。1856～1864年，麦克唐纳代替自由保守党领袖A.麦克纳布，与法裔蓝党领袖G.-E.卡蒂埃共同担任加拿大联合省总理。1864年，面对党派和族群矛盾的交替而引发的政治动荡，领导自由保守党、蓝党与砂砾党组成联合政府。同年，率加拿大联合省全体内阁成员参加夏洛特敦会议，会议结束几个月后担任魁北克会议的主要组织者和1866年伦敦会议的主席，在促进英属北美殖民地联合中发挥了重要作用。1867年7月加拿大自治领建立后，担任联邦政府第1任总理，被英国政府册封为巴斯勋爵。

麦克唐纳执政的前6年实现了自治领的扩张。1870年，自治领获得英国哈得孙湾公司在西部的大片领土，设置了马尼托巴省和西北领地。1871年和1873年，不列颠哥伦比亚省、爱德华岛相继加入联邦。1873年因太平洋丑闻辞职，1878年再次执政。在对内政策方面，提出了以西部移民、修建加拿大太平洋铁路和实行保护关税为内容的“国家政策”，为加拿大早期经济的发展奠定了基础。在对外政策方面，主张加强与英国的联系，支持大英帝国的统一外交,同时竭力争取加拿大在统一外交中的平等地位。代表加拿大参加了1871年《英美华盛顿条约》的谈判，维护了加拿大的利益。

麦克唐纳执政后期，主张给予所有土著男性选举权。在1885年镇压L.里埃尔领导的梅蒂人起义，引起法、英裔加拿大人之间的族群纷争。同年，在不列颠哥伦比亚省的压力下对进入加拿大的华工征收人头税。其经济政策遭到西部和大西洋沿海省的反对。面对兴起的省权运动，联邦政府开始减少对省法律否决权的运用。

J.A.麦克唐纳的墓碑（位于加拿大金斯顿的卡坦拉基公墓）