1938年1月11日在武汉创刊，10月25日迁重庆出版。社长潘梓年，总经理熊瑾玎。历任总编辑有华岗（华西园）、吴克坚、章汉夫等。1945年9月，根据中共中央指示，在上海设总馆，在南京、重庆设分馆。其中，重庆分馆改为四川省委机关报。后因国民党当局阻挠，上海、南京两馆的出版计划未能实现。重庆分馆先后由傅钟、张友渔任社长，熊复任总编辑，于刚任经理。继续出版至1947年2月28日，被国民党当局查封。

《新华日报》1938年1月11日创刊号

该报针对国民党统治区的实际情况，宣传中国共产党的纲领路线和方针政策，把马列主义的真理传播到人民群众中去。在宣传报道中坚持实事求是的原则，坚持中国共产党在国共合作中维护国家和民族利益的态度。它发表过毛泽东、周恩来、刘少奇、朱德、彭德怀、叶剑英等中国共产党领导人的许多重要文章；对包括蒋介石在内的国民党高级领导人的抗日言论，也以积极的态度予以登载。

该报提出“为人民讲话，让人民自己讲话，讲人民自己的话”的面向人民群众实际生活的宣传方针；开辟“读者园地”“青年生活”“妇女之路”等专栏，反映劳动群众和下层公教人员的悲惨境遇和他们反抗压迫的正义斗争，积极地维护工人阶级的利益，寻求妇女解放的道路。在发展抗日民族统一战线和爱国民主统一战线方面，也积极配合大力宣传。用大量版面，为民主党派和社会各界知名人士提供一个比较自由的讲坛。冯玉祥将军和郭沫若、茅盾、柳亚子、沈钧儒、黄炎培、邓初民、陶行知、张西曼、胡厥文、胡子昂、马寅初等学者、教授和社会活动家，经常为该报撰稿。它的副刊团结了很多优秀的文学艺术和文化工作者，成为报社重要的稿源和传播进步文化的重要阵地。1942年底，根据周恩来的指示，开设了“国际述评”专栏，由乔冠华主笔。专栏文章以资料翔实、分析透彻、富于哲理和文采而受到读者欢迎，经常为外国通讯社所转载。该报实现了中共中央南方局及周恩来的要求：“编得好、印得清、出得早、销得多。”

1941年1月“皖南事变”后，该报要发表有关事变真相的报道、评论，同时还有周恩来写的题词：“为江南死国难者致哀！”“千古奇冤，江南一叶；同室操戈，相煎何急！”为了反对国民党的新闻检查制度，该报人员经常采取“暴检”的方式，即开天窗，在报纸删去内容的版面注上“被略”“遵检”“以下奉命删登”等字样，或在版面上留下空白，以示抗议。

《新华日报》上发表的周恩来为皖南事变及死难烈士的题词

抗日战争时期，该报坚持抗战，反对投降；坚持团结，反对分裂；坚持进步，反对倒退。还出版过《新华日报》华北版，为中共北方局机关报；后改为太行版，为中共太行分局机关报。解放战争时期坚持和平民主和独立解放，出版过《新华日报》华中版，为中共华中分局机关报。

重庆时期的《新华日报》同国民党的新闻检查制度进行了8年多的斗争，在以周恩来同志为首的中共南方局直接领导下，坚持“有理、有利、有节”的原则，将合法斗争和非法斗争相结合，通过建立发行队伍、扩大纸源、建立新闻界的统一战线等方式取得“反检”胜利。

1949年4月30日在南京创刊的《新华日报》，为中共南京市委机关报。1952年11月起改为中共江苏省委机关报。1949年12月10日在重庆创刊的《新华日报》，是中共中央西南局机关报，出至1954年8月31日因大行政区撤销而停刊。

重庆《新华日报》旧址