1960年6月5日在昆明成立。由云南省京剧团（前身是昆明军区京剧团）、云南大戏院和昆明劳动人民京剧团合并建立。刘奎官任院长，祁来发、金素秋、关肃霜、裘世戎、莫耀宗任副院长，彭华任党委书记。下设艺术室、办公室、一团、二团、三团。一团是重点团，以继承、革新和发展京剧艺术为主要任务，面向全国；二团以日常演出为主，面向全省；三团主要由青年演员组成，重点培养提高。1961年，三个团调整为两个团，称一团、二团。建院后，关肃霜、刘奎官、裘世戎、徐敏初、高一帆、贾连城、夏韵秋、刘美娟、程静华、梁次珊、金素秋、吴枫、张宝彝、梁先庆、赵慧聪、侯亚亭、关伯平、宋东宝等演职员，陆续排演了田汉剧作《白蛇传》《谢瑶环》《杨八姐智取金刀》和该院改编的《通天犀》《盗御马》《战洪州》《盗库银》《打焦赞》等剧。创作、改编演出了具有鲜明民族特色与地方特色的《孔雀胆》《多沙阿波》《李定国》《黛诺》等京剧剧目。坚持深入边疆为各民族群众服务，并多次赴北京和其他省、直辖市、自治区演出。阵容整齐，行当齐全，演出作风严谨。1970年1月京剧院撤销，1979年2月，恢复省京剧院建制，下设一团、二团。1981年1月20日关肃霜任院长，7月28日金素秋、裘世戎任院艺术顾问。全院主要编剧、导演有金素秋、吴枫、王绍志、乔家瑞、梁先庆、张树勇、赵慧聪、苏保昆等。一团主要演职员有关肃霜、高一帆、贾连城、梁次珊、程静华、李春仁、张占元、关肃娟、杨丽春、李松涛、侯燕芳、王玲、董瑞堃、王晓琳、董建华、杨洁、刘万选、李焕斗、刘福海、周明义、宋东宝、杨贵生等。二团主要演职员有刘美娟、韩福香、钰存、梁建国、梁汉森、苏保京、高珖、王玉柱、筱福珊、陆明生、樊凤来、潘铁铮、刘万祥、李章群、王长春、道玉书等。恢复京剧院建制以来，重新排演了该院20世纪50～60年代剧目《黛诺》《孔雀胆》；学习、移植和排演了《蝶恋花》《红灯照》《豹子湾战斗》《闯王旗》等；创作、改编演出了《铁弓缘》《穆桂英大破天门阵》《董小宛》《虚嘘》《葛嫩娘》《三进店》《娜蒂秀》《武侯渡泸》《火烧松明楼》《南疆血碑》等。其中，关肃霜主演的《铁弓缘》1979年由北京电影制片厂摄制成彩色影片，获第三届大众电影百花奖最佳戏曲片奖。创作的反映云南佤族人民生活的京剧《佤山雾》，于1979年9月赴北京参加庆祝中华人民共和国成立30周年献礼演出，获文化部颁发的演出一等奖、创作二等奖。创作的新编历史剧《南疆血碑》，于1990年12月赴北京参加纪念徽班进京200周年演出，并获得1991年首届文华新剧目奖，导演张树勇获文华导演奖。该院二团青年演员乔丽以《擂鼓战金山》一剧获1987年全国青年京剧演员电视大选赛最佳表演奖。1979年7月昆明电影制片厂拍摄了包括《盗御马》和《姚期》在内的戏曲片《裘世戎舞台艺术纪实》。1980年4月赴法国、意大利、奥地利、瑞士、列支敦士登等西欧5国访问演出。1984年7月1日又赴芬兰、瑞典演出。1988年关肃霜带队赴香港地区演出。1993年初，张树勇任云南京剧院院长。剧院继承和发展云南京剧事业，培养各类艺术人才，切实开展艺术创作，除了有一批中年业务骨干仍活跃在舞台以外，还涌现了胡春华、乔丽、董汝南、徐宝良、王侃等优秀青年演员及于浩东、赵剑昕、桂保昆、宋春生等新的创作人员。1997年11月，新编历史故事剧《梦断碑寒》获第七届文华新剧目奖，扮演主角阿姹的胡春华获文华表演奖。2001年，新编历史剧《凤氏彝兰》获第三届中国京剧艺术节优秀剧目奖，后又获第十一届文华大奖，编剧李莉、佳倍，导演张树勇，主演程联群（特邀）、周凯，分别获得文华剧作奖、文华导演奖、文华表演奖。2007年，胡春华任院长。2008年，《白洁圣妃》获第五届中国京剧艺术节新编历史剧一等奖。

中坐者刘奎官　前排左起：刘美娟、金素秋、关肃霜、韩福香　后排左起：吴枫、高一帆、徐敏初

《水淹七军》刘奎官饰关羽（中）（祁建摄）

《谢瑶环》　关肃霜饰谢瑶环

《南疆血碑》　梁建国饰年四（左一）　王玉柱饰阿古（右一）

《凤氏彝兰》　胡春华饰彝兰（左）　王晓琳饰麦子