生于中国福建福州，卒于日本神奈川县小田原市。幼年居北京，初从父学弈。10岁已具相当高的水平。1928年14岁时东渡日本，师事日本棋手濑越宪作。1929年日本棋院直接认可他为三段棋手。1932年升至五段。1936年出于在日人身安全的考虑加入日本籍。1945年时退出。1979年因子女国籍问题再度加入日本籍。1933年与日本棋手木谷实一起开创了追求势力与速度的新布局运动。同年9月在与日本棋坛领袖本因坊秀哉名人的对局中采用“三三、星、天元”的奇异布局，轰动一时。1939年升至七段，开始与日本一流棋手轮流进行升降十番棋，到1955年十番棋大战告一段落时，先后战胜了木谷实、雁金准一、桥本宇太郎、岩木薰、藤泽库之助、坂田荣男、高川格7位强劲对手，在前后共10次十番棋对抗赛中大获全胜，将除雁金准一之外的对手皆打到降级，被公认为是当时世界棋坛的第一人。1950年日本棋院推举他为九段棋手。1957年获得日本第1期“最强战”冠军。1959年与坂田荣男并列第3期日本“最强战”冠军，围棋界称1939～1959年为“吴清源时代”。1961～1964年连续3次获得日本“名人战”第二名。1964年后因健康原因陆续退出各项围棋比赛。1983年正式引退。他是具有传奇色彩的20世纪围棋大师，棋风灵活多变，气象万千，被日本棋界誉为“近代布局的奠基人”“昭和时代的棋圣”。晚年依然热心围棋运动的推广，并潜心研究围棋理论，著有《吴清源自选百局》《以文会友》《吴清源全集》《二十一世纪的围棋》《中的精神》等作品。